O parque protege um importante fragmento da Mata Atlântica, incluindo araucárias (Araucaria angustifolia) e pequenas áreas de campo de capim-barba-de-bode. Nessa flora diversificada também se destacam pequenas áreas remanescentes de butiás (Butia exilata), espécie desconhecida em outras áreas da região, e a grápia (Apuleia leiocarpa), ambas presentes na lista de espécies ameaçadas de extinção no Rio Grande do Sul.

A fauna também é bastante significativa, com registro do sapo-de-chifres (Proceratophrys brauni), aves como o papagaio-do-peito-roxo (Amazona vinacea), a juruva (Baryphthengus ruficapillus) e o barbudinho (Phylloscartes eximius), além de felinos como o gato-do-mato-grande (Leopardus geoffroyi), ameaçado de extinção no estado, e o rato-de-espinho (Clyomys laticeps), cuja ocorrência era desconhecida no Rio Grande do Sul. O PEPC também protege importantes nascentes dos arroios Baios e Mendes, pertencentes à sub-bacia do Rio da Várzea, na bacia do Rio Uruguai.