Localizada no Noroeste do Estado, a bacia do rio Piratinim possui uma área de 7.656 km², englobando os municípios de Garruchos, São Nicolau, Bossoroca, São Luiz Gonzaga, São Miguel das Missões, Santo Antônio das Missões, Joia e Capão do Cipó, que possuem os maiores territórios no interior da bacia.

Devido às recorrentes estiagens, a irrigação de cultivos de milho e soja apresentou um crescimento significativo nos últimos anos.

O balanço hídrico da bacia mostra que, das 22 sub-bacias, 14 apresentam comprometimento da vazão outorgável superior a 100%, o que tem gerado conflitos de uso da água entre os próprios irrigantes.